Wielki mufti Jerozolimy wskroś rozmiary historyków jest oskarżany o sprzyjanie również popieranie planom Niemców wymordowania Żydów (Holocaust). Na powojennym procesie do wnętrza Norymberdze twierdził w ten sposób Dieter Wisliceny, zastępca Adolfa Eichmanna. W okresie późniejszym Mohammad Amin al-Husajni zaprzeczył temu. Jednakże pewne działania świadczą przeciwko niemu. W maju 1943 r. nie interweniował, podczas gdy niemieckie ministerium spraw zagranicznych zablokowało prawdopodobieństwo przewiezienia do Palestyny 4 tys. dzieci żydowskich wspólnie z 500 dorosłymi pochodzącymi z Bułgarii, Węgier również Rumunii. Z kolei we wrześniu 1943 r. w czasie negocjacji wewnątrz sprawie uratowania 500 dzieci żydowskich z chorwackiego miasta Arbe zgłosił obiekcje także zablokował ich wyjazd do Turcji, bowiem mogły one znaleźć się stamtąd do Palestyny. Podobnie 25 lipca 1944 r. wystąpił do węgierskiego ministra spraw zagranicznych z obiekcjami wobec certyfikatów na rzecz 900 dzieci żydowskich plus 100 dorosłych, jako że mogliby oni – według niego – egzystować wywiezieni z Węgier do Palestyny. Sugerował, że mogliby egzystować przetransportowani do okolicznych krajów, gdzie znajdowaliby się wobec nadzorem niemieckim. Istnieją zresztą dowody na zobowiązanie Mohammada Amina al-Husajni w środku tajną akcję wysłania do Tel Awiwu 5 agentów-spadochroniarzy, którzy mieli zatruć struktura wodociągowy miasta. Brytyjska policja schwytała ich lecz wewnątrz jaskini w sąsiedztwie Jerycha.